Nem sempre. O MEI somente tem a obrigação de emitir esse documento nos seguintes casos:
Sempre que vender ou prestar serviços para outras pessoas jurídicas (empresas ou governo), independentemente do tamanho delas;
Quando seus clientes (pessoa física) solicitarem, de acordo com o Código de Defesa do Consumidor;
Sempre que você precisar enviar seu produto para o cliente, independente se for empresa ou pessoa física, como por exemplo venda pela internet, telefone ou catálogo.